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El laboratorio de Microbiología Clínica

Fase Preanalítica

RECEPCIÓN DE MUESTRAS

La primera etapa en el laboratorio de Microbiología Clínica es la recepción de muestras, estas se reciben de Atención Primaria, Hospitales Comarcales, Hospital Monte Naranco y del HUCA y procedentes de diferentes Servicios y pacientes. Las muestras llegan al laboratorio a través de diferentes s vías dependiendo de sus circunstancias particulares:

  1. En el pasillo a la entrada del Servicio se sitúan una ESTUFA y una NEVERA, en las cuales se depositan las muestras, recibidas de forma extemporánea generalmente en el turno de tarde y de noche, con su correspondiente indicación de temperatura de conservación. VIDEO

  2. Las muestras de Atención Primaria se reciben en la zona de Recepción de Muestras y vienen en neveras. En el interior del servicio se sitúa una zona con estantes para la colocación de los contenedores refrigerados que las personas que traen las muestras al día siguiente puedan reciclarlos. VIDEO

  3. Además, existe un sistema de tubos neumáticos por donde llegan muestras en contenedores cilíndricos estandarizados con códigos indicativos para su seguimiento. Estas muestras, del HUCA, son muestras urgentes y otras que sean con contenedores herméticos y que no lleven vidrio para evitar derrames y rotura del vidrio, por ejemplo, las botellas de hemocultivos eran de vidrio, pero se sustituyeron por plástico para poder enviarlas por el tubo neumático. VIDEO

  4. Las muestras se pasan a la Zona de Recepción de Muestras donde se registran y se etiquetan y se abren incidencias si vienen con algún problema identificativo. VIDEO

  5. CORE: Es una unidad común a diferentes servicios del laboratorio, donde llegan muestras, principalmente sueros. El sistema los clasifica según un código de barras y separa alícuotas para los diferentes laboratorios (microbiología, genética, bioquímica, hematología, etc). En el caso de microbiología, en estas instalaciones se analizan VIH, hepatitis B y sífilis,y el resto se envía a la Sección de Serología del Servicio de Microbiología que hemos visto en un video previo. VIDEO

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MUESTRAS DE ORINA

Las muestras de orina, tras recepción y etiquetado, pero antes de su siembra en medios específicos, se analizan en un citómetro de flujo, el cual lleva a cabo un recuento celular. Solo si los resultados son postivos, la muestra pasa a la fase de sembrado, caso contrario se las asigna directamente un resultado negativo. VIDEO: Citometría de flujo para muestras de orina. VIDEO

 

SIEMBRAS

Tras la recepción, las muestras se siembran en los medios adecuados. Estos son medios generales como el agar sangre o el agar Levine, otros son medios especiales para cada tipo de microorganismo en particular ej agar campylobacter o agar Hektoen para Salmonella, otros son medios cromogénicos, agar en biplaca etc.

  1. La siembra puede llevarse a cabo de modo manual, utilizando sistemas totalmente análogos a los empleados en prácticas de microbiología, solo que en . Las campanas de flujo laminar son dispositivos que hacen pasar el aire a través de un sistema de filtros que retienen los microorganismos, para posteriormente inyectarlo en el interior de la cámara, lo que genera un ambiente estéril. Además, el flujo laminar evita la existencia de turbulencias que puedan contaminar los cultivos con microorganismos del exterior. VIDEO

  2. Para otras aplicaciones, se dispone de sembrado automático mediante robots, capaces de realizar de forma mecánica todo el proceso de inoculación en un medio sólido, esto es, la centrifugación de la muestra si es necesario, el esterilizado del asa de inoculación que en el caso de las orinas es un asa calibrada, el etiquetado de las placas con los códigos de barra, la colocación y apertura de la placa de Petri con el medio de cultivo, el sembrado, tapado y procesado de las placas, dejándolas listas para incubación. En el vídeo se aprecia el sembrado de placas de orina divididas en dos mitades, una con medio agar sangre y otra con medio cromogénico (biplacas), para la inoculación de orinas. En la mesa adyacente al robot se aprecian muestras en tubos y pilas de placas listas para incubación. VIDEO

*Enlaces complementarios:

https://www.youtube.com/watch?v=mbwftxmRYyY

https://www.biomerieux-diagnostics.com/wasp-microbiology-specimen-processing

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INCUBACIÓN

Las muestras sembradas se incuban en diferentes estufas dependiendo de las condiciones, tales como aerobiosis normal, concentración de CO2, etc. VIDEO: Estufas incubación. VIDEO

Las placas para cultivo de microrganismos anaerobios se incuban en jarras en las que se inyecta una atmósfera libre de O2.  VIDEO

Fase Analítica

ANÁLISIS DE SIEMBRAS

Las muestras sembradas, tras inoculación, se analizan visualmente para identificación de colonias y la identificación de los microorganismos correspondientes. VIDEO

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MUESTRAS URGENTES

Diferentes técnicas permiten identificar patógenos en análisis de menos de una hora de duración. La tecnología empleada se basa fundamentalmente en diferentes formas de PCR en tiempo real para detectar gripe A y B, virus respiratorio sincitial (esta se realiza en 20 minutos) o PCR multiplexadas para detectar meningitis, sepsis o coprocultivos (en 1 hora). VIDEO

También se emplean otras metodologías como la inmunocromatografía para detección de antígenos en orina (en 10 minutos) de neumococo y Legionella. VIDEO

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*Enlaces complementarios:

-PCR rápida: https://www.youtube.com/watch?v=WGNH7NaGqiw

https://diagnostics.roche.com/global/en/products/systems/cobas-liat-system.html

-Inmunoensayo: http://sdbiosensor.com/xe/product/2646

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TINCIONES

 

La visualización de bacterias mediante tinción de Gram se lleva a cabo de forma automática. Hay muestras como los exudados vaginales que se debe de hacer a la vez que el sembrado en placas y otras veces es la identificación de las placas con el microorganismo creciendo en los diferentes medios de cultivo. VIDEO

*Enlaces complementarios: https://www.biomerieux-usa.com/clinical/previ-color-gram

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HEMOCULTIVOS

Los hemocultivos se llevan a cabo en botellas adaptables a unos dispositivos automáticos que las analizan para determinar la presencia de patógenos. Las botellas con resultados negativos son descartadas de forma automática y aparece una luz verde en el aparato, y el dispositivo alerta sobre las positivas con una luz roja. Dado el volumen de muestras a analizar y la importancia de la prueba, el HUCA dispone de dos instrumentos idénticos para su realización. VIDEO

*Enlaces complementarios:

https://www.youtube.com/watch?v=Eq1vEv-5Geg

https://www.biomerieux-usa.com/clinical/bact-alert-virtuo

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ANTIBIÓTICOS Y RESISTENCIAS

Diferentes dispositivos automáticos llevan a cabo determinaciones relativas a la resistencia o no de los microorganismos a los diferentes antibióticos usados en clínica.

  1. Los antibiogramas se llevan a cabo utilizando o bien el método de Kirby-Bauer o de disco placa con discos de papel impregnados con los diferentes antibióticos pero que es un sistema más grosero de la sensibilidad o no del microorganismo o con microplacas con múltiples pocillos que incluyen distintos antibióticos a diferentes concentraciones (CMI o concentración mínima inhibitoria). Ambos sistemas están estandarizados por organismos americanos como el CLSI o europeos (EUCAST). VIDEO

  2. El chequeo de especies bacterianas con fenotipo de multirresistencia se lleva a cabo en menos de 6 horas. VIDEO

  3. Las evaluación de las concentraciones de antibióticos tóxicos en suero de pacientes en tratamiento también se determina automáticamente (niveles de antibióticos en suero como aminoglucósidos o vancomicina que son tóxicos). VIDEO

La sección dispone además de otros sistemas moleculares para determinar las resistencias y si están son brotes dentro del hospital

*Enlaces complementarios:

https://www.beckmancoulter.com/es/products/microbiology/microscan-walkaway-plus-system

https://namphuong-tn.vn/en/microscan-walkaway-plus-system/

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IDENTIFICACIÓN DE BACTERIAS: MALDI TOF

La espectrometría de masas es una técnica rápida muy eficaz para la detección de microorganismos. Se basa en la detección de perfiles proteicos que se pueden llevar a cabo directamente sobre células bacterianas completas aisladas previamente en cultivo. La denominación de la técnica es desorción/ionización láser asistida por matriz (MALDI: Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization) y TOF por el detector de iones que se acopla al MALDI (Time-Of-Flight). Actualmente es una tecnología imprescindible para identificar bacterias y hongos y se dispone de dos aparatos para evitar que si hay una avería de uno de los aparatos el laboratorio se quede sin esta tecnología básica. VIDEO

*Enlaces complementarios:

https://www.bruker.com/products/mass-spectrometry-and-separations/maldi-toftof/microflex.html

https://www.youtube.com/watch?v=pGc1DRCYEaA

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IDENTIFICACIÓN DE HONGOS

Los hongos representan una sección propia dentro del Servicio de Microbiología por la especificidad de metodologías para su detección e identificación. Esta se lleva a cabo mediante incubación en medios específicos (el agar básico en hongos es el agar Sabouraud) y observación macro y microscópica, y también por métodos moleculares. VIDEO

*Enlaces complementarios:

https://www.biomerieux-diagnostics.com/culture-media-fungal-infections

 

IDENTIFICACIÓN DE PARÁSITOS

Los parásitos representan otra sección propia dentro del Servicio de Microbiología. La tecnología de identificación se basa en gran medida en la observación microscópica, aunque se han implementado técnicas moleculares para la detección de protozoos como Giardia o Cryptosporidium entre otros que están desplazando la observación al microscopio. En esta sección está la Sección de Coprocultivos para la identificación de patógenos causantes de gastroenteritis (bacterias, virus y parásitos) y que actualmente se hace con PCR múltiple. VIDEO

 

SEROLOGÍA

Sección dedicada a la detección de la presencia de anticuerpos específicos en sueros. Hay infecciones que su sistema de detección es por la presencia o no de anticuerpos frente a ese patógeno y que no se pueden cultivar, ej. la sífilis se diagnostica mediante pruebas serológicas ya que no es cultivable. Hay diferentes tecnologías pero en general se ha sustituido en muchos casos la detección por ELISA por CLIA (quimiolumiscencia). VIDEO

*Enlaces complementarios:

https://www.diasorin.com/en/immunodiagnostic-solutions/systems/clia-systems/liaisonr-xl

https://www.diagnostic.grifols.com/en/triturus-elisa-instrument1/overview

 

MICOBACTERIAS

Las micobacterias, por su peligrosidad, requieren una sala especial aislada del resto, donde se llevan a cabo técnicas análogas al resto de microorganismos para su identificación. VIDEO

 

VIROLOGÍA

El Laboratorio de Virología dispone de instalaciones para cultivos celulares que permitan la propagación vírica. VIDEO . Sin embargo, en su mayor parte la detección de los virus es molecular, fundamentalmente por técnicas de PCR, para lo cual existe una sala específica. VIDEO. También existe anexa una sala de bioseguridad de nivel III para virus de alta peligrosidad como ej el virus Ebola. VIDEO

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